研发费用是公司一项特殊费用的存在，一般包含人员人工费用、直接投入费用、折旧费用、无形资产摊销新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费、其他相关费用等。那么，研发费用专项审计报告常见的问题有哪些呢？
1、研发费用的核算与安排与实际的研发项目不相符。
研发活动也就是研发项目的设立，应是早于研发费用的核算的，因为只有项目的设立后，才会有研发活动而产生的研发费用，而大多数的企业基于各自的原因，或是重视不够，或是项目安排的冲突等问题，为了高新技术企业认定设立了研发活动，往往是一种形式，企业的财务与企业的研发中心不能有效的结合与统一，研发中心依技术与市场需要而设定的研发项目，而财务却是以当年可能或是已经产生的销售额结合本身的专利技术为基础来预算或是划分研发费用，从而设定研发项目。
2、会计科目的设置与实际研发活动发生的过程不统一。
企业的研发费用按新会计准则要求列入管理费用，所以一般企业应在管理费用下设研发费用，设置二级科目“技术开发费”。这样的分类年底再来回顾这个项目就可以清楚的看到本年发生的总费用是多少，各个项目发生的费用是多少，各个项目下的材料、人工、动力、检测等费用的具体发生额等情况，可以合理的计算出项目的成果转化程度与投资收益的多少。但是很多企业不能区分研发过程中费用支出与成本支生，而是采用一篮子的方法，导致研发费用核算不明确，科目核算不精准。
3、研发费用加计扣除的数额与企业发生的研发费用不相同。
高新技术认定通过享受税收的优惠政策，而研发费用的认定依据依据科技部、财政部、国家税务总局发部的《高新技术企业认定工作指引》（以下简称《指引》）而定的。当企业享受加计扣除优惠政策的认定时，依据的是国家税务总局《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（以下简称《办法》），虽然两者的认定与划分研发费用的依据前提是相同的，可是适用的情况又是不同的，不能混为一谈，二者研发费用的认定口径不一致，但是最终的原则并不冲突。
4、研发费用的预算与控制制度不完善。
研发费用的产生是研发活动的过程中，但是高新技术企业的财务也会在每个项目设立前，针对研发费用做出预算。预算出材料、人工、设备、检测等费用，但是在实际发生过程中，却没有一个预算方案、监控制度来管理与完善费用的支出，这样就会导致企业项目在立项时的备案书，与企业结题后的验收书，在财务预算与实际支出不一致。
上述便是关于“研发费用专项审计报告常见的问题”的相关内容。公司投入研发费用，一方面能够抢占技术制高点，另一方面研发支出可以用来做加计扣除，从而减少企业的所得税税负。
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